剧情简介

科学家宫野志保是黑衣组织的成员之一，她发明了一种名为APTX4869的神秘毒药，可以让工藤新一变小。但是，由于黑衣组织杀害了她的姐姐明美，宫野志保决定背叛组织，自己也服下了APTX4869，身体缩小后化名为灰原哀，并隐藏了真实身份。尽管只有一点，黑衣组织在她心中确实投下了一层阴影。

不幸的是，她再次与黑衣组织的干部琴酒碰面，陷入生死危机的“与黑衣组织的再次相遇”事件;在被巴士挟持的车上，她感受到组织成员的气息，成为一个决意赴死的“神秘乘客”;在故事的高潮时刻，她被迫面对极端危险的“漆黑的神秘列车”。灰原哀在直接对抗苦艾酒和波本时失败了，按照组织的计划，她被捲入货车爆炸中而被认为已经死亡，但她其实…… 以电视动画“漆黑的神秘列车”为主线，重新编辑了灰原哀的过去故事，推出了全新画面的特别编辑版。